Til sjávar í Eyjafirði fellur vatn af 4.730 km² landsvæði sem er ríflega þrettán sinnum meira en flatarmál fjarðarins. Þetta landsvæði kallast vatnasvið Eyjafjarðar og nær frá Siglunesi í vestri að Gjögurtá í austri. Út frá Eyjafirði ganga miklir dalir og um þá falla ár til sjávar í Eyjafjörð. Vestast fellur Ólafsfjarðará í Ólafsfjörð. Er hún frekar smá og vatnslítil miðað aðrar meginár á svæðinu.

Þar fyrir sunnan er Svarfaðardalur og hliðardalir hans en um hann fellur Svarfaðardalsá til sjávar við Dalvík. Úr Hörgárdal rennur Hörgá í Eyjafjörð og um Glerárdal rennur Glerá til sjávar um Akureyri. Eru nú ónefnd tvö mestu vatnsföllin en annað þeirra, Eyjafjarðará, rennur til sjávar í botn fjarðarins og við útrennsli hennar eru miklar leirur. Dalurinn sem hún fellur um ber sama heiti og fjörðurinn sjálfur og er hann mjög langur eða 60 km. Fnjóská rennur til sjávar í Dalsmynni við Laufás. Hún er með lengstu ám á Íslandi, um 120 km.

Árnar sem falla í Eyjafjörð eru að langmestu leyti dragár og markast rennsli þeirra af því. Mælingar á rennsli fallvatna hafa verið frekar fátíðar í firðinum vegna þess að þar hafa ekki verið vænlegir virkjunarkostir. Þær hafa þó verið gerðar af Orkustofnun í Fnjóská, Eyjafjarðará og Bægisá en sú síðastnefnda er lítil þverá Öxnadalsár sem neðar rennur í Hörgá. Heildarrennsli til fjarðarins er hægt að meta út frá svona tölum svo og úrkomutölum frá veðurathugunum og hefur það verið áætlað 188 m³/s að meðaltali yfir langan tíma.  Sé þessu rennsli jafnað yfir fjörðinn jafngildir það 17 m þykku ferskvatnslagi á ári sem er með því mesta sem gerist í íslenskum fjörðum.

Þar við bætist um 0,5 m vegna úrkomu. Meðalársúrkoman í Grímsey er 678 mm en 474 mm á Akureyri. Úrkoman er mest á haustin, helst tiltölulega mikil yfir veturinn en nær lágmarki í maí og júní.

Flóð koma í rennsli ánna á vorin þegar snjóa leysir. Í september er einnig smátoppur og stafar hann af haustrigningum sem skila sér mjög fljótt út í árnar og fjörðinn. Rennslið er fremur lítið og jafnt yfir vetrarmánuðina og er það dæmigert fyrir afrennsli ferskvatns til Eyjafjarðar. Árið 1992 var meginvorflóðið í lok maí og byrjun júní. Byrjaði það frekar snögglega og fór hæst í um 230 m³/s. Árið 1993 kom aðalflóðið ekki fyrr en seinnipartinn í júní vegna þess hve vorið var kalt. Náði það hámarki um 240 m³/s. Aðalflóðið hafði hins vegar lengri aðdraganda en vorflóð ársins á undan og á undan því komu nokkur minni flóð. Hámarksflæðið er um það bil tífalt meðalrennsli árinnar. Rennslið í Fnjóská er eilítið jafnara en í Eyjafjarðará, sérstaklega yfir sumarmánuðina. Skýringin er sú að Fnjóská er mun lengri og rennslið jafnast á leiðinni til sjávar.

Steingrímur Jónsson

Úrkoma á Akureyri og í Grímsey á árunum 1931-1960. Meðalársúrkoma yfir allt tímabilið er sýnd í sviga (gögn frá Veðurstofu Íslands). Úrkoma á Akureyri og í Grímsey á árunum 1931-1960. Meðalársúrkoma yfir allt tímabilið er sýnd í sviga (gögn frá Veðurstofu Íslands).

Ferskvatnsrennsli í nokkrum ám í Eyjafirði (gögn frá Hafrannsóknastofnuninni). Ferskvatnsrennsli í nokkrum ám í Eyjafirði (gögn frá Hafrannsóknastofnuninni).