Botnþörunga, eða þara er yfirleitt að finna á hörðum botni frá fjöru niður að 20 til 40 metra dýpi, eftir því hve tær sjórinn er. Ekki er nægt sólarljós neðar en það til að þörungarnir geti vaxið. Botnþörungar hafa ekki rætur og geta því ekki fest sig niður á mjúkum botni.

Botnþörungum er gjarnan skipt í þrjá meginhópa, grænþörunga (chlorophyta), brúnþörunga (phaeophyta) og rauðþörunga (rhodophyta), og er þeir nefndir eftir ráðandi lit í hverjum hóp fyrir sig. Allir flokkarnir finnast á ýmsu dýpi en í megindráttum eru grænþörungarnir algengastir í efri hluta fjöru, brúnþörungarnir í neðri hluta fjöru og grunnsævi en rauðþörungarnir algengastir þar fyrir neðan.

Stórir brúnþörungar mynda oft víðáttumikla þaraskóga á grunnsævi. Frumframleiðni þaraskóganna á hvern fermetra er með því hæsta sem þekkist, svipuð og frumskóga hitabeltisins. Þar er því meiri lífmassaframleiðsla á fermetra en annars staðar þekkist á eða við Ísland.

Útbreiðsla botnþörunga í sjó er áberandi beltaskipt. Tegundirnar laga sig að mismunandi dýpi og svæðum eða er ýtt út á jaðarsvæði í samkeppninni við aðrar tegundir. Í efri hluta fjöru stjórna umhverfisþættir mestu, svo sem þol tegundanna fyrir hitastigi, seltu og þurrki. Einungis harðgerðustu tegundirnar geta lifað efst í fjörunni. Í neðri hluta útbreiðslusvæðisins stjórna hinsvegar líffræðilegir þættir svo sem samkeppnishæfnin og þol gegn afráni mestu.

Í raun eru ekki margar tegundir sem geta étið lifandi þara, einungis ígulker og nokkrar sniglategundir. Dauður þari brotnar þó niður og verður fæða örvera eða grotæta og nýtist því aftur í fæðukeðjunni. Dauðan þara rekur einnig niður á dýpri svæði þar sem þeir nýtast fjarlægum fæðukeðjum. Þannig nýtast botnþörungarnir bæði beint og óbeint öðrum lífverum sjávar. Þangbreiður og þaraskógar veita fjölmörgum lífverum skjól.

Ýmsar þörungategundir í fjörupolli. (Mynd: Tryggvi Sveinsson) Ýmsar þörungategundir í fjörupolli. (Mynd: Tryggvi Sveinsson)

Þaraskógur neðan fjörumarka í Eyjafirði. (Mynd: Erlendur Bogason) Þaraskógur neðan fjörumarka í Eyjafirði. (Mynd: Erlendur Bogason)